Exempel på projekt ur AquaBiota:s verksamhet:
- BIAS – Undervattensbuller i Östersjön
- Ekologiska och ekotoxikologiska effekter av mikroplaster på akvatiska födovävar
- EUSeaMap – Storskaliga prediktiva habitatkartor för europeisk havsbotten
- Gäddans status i Säbyvik och anslutande skärgårdsområde
- Havsplan i Kristianstads kommun
- HUB – HELCOM Underwater biotopes and habitats classification system
- IMAGINE – Implikationer av alternativa förvaltningsstrategier på marin grön infrastruktur
- Kommunal havsplanering i Varberg
- Kontrollprogram för havsbaserad vindkraft
- MARMONI – Övervakning och kartering av marin biodiversitet
- Marin grön infrastruktur i Västernorrland
- MMSS – Marin modellering i Stockholms och Sörmlands län
- MOSAIC – Metod för akvatisk naturvärdesbedömning, pusselbit för pusselbit
- Miljökonsekvensbeskrivning (MKB) för Natura 2000-område vid Kilaån
- Naturvärdesbedömning av kustnära miljöer i Kalmar Län
- Naturvärdesbedömning av Vaxholms kustvatten
- NISSES – Främmande arter i svenska hav: bedömningsgrunder för God Ekologisk Status
- Plant-Fish – Undersöker hur vegetation och rovfisk hänger ihop
- SAMBAH – Inventering av Östersjöns tumlare
- Provfiske Finngrunden
- Sjöfartens påverkan
- StrandEko – Rumslig prediktion av ackumulerande tång på strandvallar
- Strategisk konsekvensutredning av förnybar energiproduktion till havs
- VALUES – Värdering av akvatiska livsmiljöers ekosystemtjänster