Exempel på projekt ur AquaBiota:s verksamhet:
- Analys av bottenfauna inom kontrollprogram för marin sandtäkt
- BIAS – Undervattensbuller i Östersjön
- Blåmusslor och deras relation till alfågel på Södra Midsjöbanken
- Ekologiska och ekotoxikologiska effekter av mikroplaster på akvatiska födovävar
- eDNA-inventering av fisksamhället i Pite älv
- eDNA-undersökning av uppländska våtmarker
- EUSeaMap – Storskaliga prediktiva habitatkartor för europeisk havsbotten
- Fältundersökningar för kartering av naturvärden i Egentliga Östersjön
- Havsplan i Kristianstads kommun
- IMAGINE – Implikationer av alternativa förvaltningsstrategier på marin grön infrastruktur
- Inventering och kartering av Gävleborgs län
- Kartor till Symphony
- Kommunal havsplanering i Varberg
- Kontrollprogram för havsbaserad vindkraft
- Marin grön infrastruktur i Västernorrland
- MOSAIC – Metod för akvatisk naturvärdesbedömning, pusselbit för pusselbit
- NISSES – Främmande arter i svenska hav: bedömningsgrunder för God Ekologisk Status
- Plant-Fish – Undersöker hur vegetation och rovfisk hänger ihop
- Provfiske Finngrunden
- SAMBAH – Inventering av Östersjöns tumlare
- Sjöfartens påverkan
- StrandEko – Rumslig prediktion av ackumulerande tång på strandvallar
- Strategisk konsekvensutredning av förnybar energiproduktion till havs
- Sveriges implementering av vattendirektivet
- VALUES – Värdering av akvatiska livsmiljöers ekosystemtjänster
- Vattenuttag i sötvatten