Sofia arbetar med inventeringar, rumslig modellering samt grund- och tillämpad forskning. Hennes forskning fokuserar på marin växtekologi och biologiska invasioner i akvatiska ekosystem och hon har arbetat i Östersjön, Nordatlanten och i flodekosystem. Tidigare arbetade hon som forskare vid Stockholms universitet och universitetet i Köln, Tyskland. Sofia disputerade i växtekologi vid Stockholms universitet 2004 med en avhandling om de ekologiska effekterna av spridningen av en ny brunalg i svenska havsområden.